Der Ablauf einer Sanierung teilt sich in drei Hauptbereiche auf: Vorbereitung, Durchführung und Abschluss (siehe auch Sanierungsrecht »).

Für die Auswahl eines Sanierungsgebietes findet eine stadtweite Betrachtung möglicher Gebiete statt. Hier werden gezielt Stadtbereiche, die städtebauliche Missstände (Substanz- und/oder Funktionsschwächen) aufweisen, analysiert.

Die Vorbereitenden Untersuchungen stellen die gebietsbezogene Begründung für einen Antrag auf die Aufnahme in die Städtebauförderung dar. Neben einer Darstellung der aktuellen Problemsituation ist vor allem auch die Darstellung von Entwicklungsperspektiven Inhalt der Untersuchung. Nach der Aufnahme des Gebietes wird die Sanierungssatzung beschlossen.

Durch den Beschluss der Stadt wird sowohl das Sanierungsgebiet als auch das Sanierungsverfahren (vereinfachtes/umfassendes) festgelegt. Als nächsten Schritt wird für das Sanierungsgebiet ein Rahmenplan erarbeitet. Hier handelt es sich um eine informelle Planung, die konkret die städtebaulichen Ziele beschreibt und die wesentliche Grundlage für die Vorbereitung und Durchführung der Sanierung bildet. Wenn sich städtebauliche Sanierungsmaßnahmen voraussichtlich nachteilig auf die persönlichen Lebensumstände der im Gebiet wohnenden oder arbeitenden Menschen auswirken, ist ein Sozialplan zu entwickeln.

Mit den Ordnungs- und Baumaßnahmen beginnt die Phase der Durchführung einer Sanierung. Maßnahmen im Bereich der öffentlichen Grünanlagen und Ordnungsmaßnahmen sind die Aufgabe der Stadt. Das sind zum Beispiel der Erwerb und die Freilegung von Grundstücken, der Umzug von Bewohnern und Betrieben, die Herstellung und Änderungen von Erschließungsanlagen und Maßnahmen, die notwendig sind, damit Baumaßnahmen durchgeführt werden können. Baumaßnahmen sind grundsätzlich Aufgabe der Eigentümer (Ausnahme: Gemeinbedarfs- und Folgeeinrichtungen) und können zum Beispiel die Modernisierung und Instandsetzung von baulichen Anlagen zum Ziel haben.

Die Durchführung der Sanierung wird häufig, insbesondere zu Beginn der Sanierung, durch die gewählte Beteiligungsform (zum Beispiel einen Beirat) begleitet.

Sind alle Sanierungsmaßnahmen beendet, erfolgt der Abschluss der Sanierung. Die Satzung wird aufgehoben, die Löschung des Sanierungsvermerks veranlasst und die förderungs- und beitragsrechtliche Abrechnung durchgeführt.

Ein Sanierungsverfahren dauert in der Regel zehn bis zwölf Jahre.